提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
2023年全国征兵工作电视电话会议在京召开******
新华社北京1月18日电(记者贾启龙)2023年全国征兵工作电视电话会议18日在京召开。会议对今年两次征兵工作进行安排部署,强调要全面贯彻落实党的二十大精神,聚焦建成世界一流军队征集更多优质兵员。
据悉,上半年征兵从2月15日开始,至3月31日结束;下半年征兵从8月15日开始,至9月30日结束。征集对象以大学生为重点,突出各级各类学校毕业生征集,优先批准理工类大学生和备战打仗所需技能人才入伍。征集的女青年,为普通高中应届毕业生、普通高等学校和科研机构全日制应届毕业生及在校生,2022年普通高等学校全日制本专科应届毕业生可以报名参加2023年上半年女兵征集。征集年龄,男青年为2023年年满18至22周岁,普通高等学校本专科毕业生、符合毕业条件的毕业班学生放宽至24周岁,研究生毕业生及在校生放宽至26周岁,初中毕业文化程度不超过20周岁;女青年为2023年年满18至22周岁,全日制研究生应届毕业生及在校生放宽至26周岁,上半年征集的2022年普通高等学校全日制本专科应届毕业生放宽至23周岁。
会议指出,在抢险救灾和灾区恢复重建中表现突出的优秀青年,烈士、因公牺牲军人、病故军人的子女、兄弟姐妹和现役军人子女,符合条件的应当优先批准入伍。少数民族居住集中地区应当多征集懂双语言、文化程度较高、综合素质好的少数民族青年入伍。革命老区应当多征集老红军、老复员军人后代入伍。
会议明确,适龄青年应当在其户籍所在地应征,经常居住地与户籍所在地不在同一省(自治区、直辖市)且取得当地居住证3年以上的,可以在经常居住地应征。普通高等学校应届毕业生和在校生可在学校所在地应征,也可在入学前户籍所在地应征,大学新生在入学前户籍所在地应征。适龄青年自行登录“全国征兵网”(http://www.gfbzb.gov.cn/),如实填写相关信息报名应征。
会议强调,要突出各级各类毕业生特别是大学毕业生征集,加大技能人才征集力度,征集更多高学历青年、高技术能手、高素质人才;要积极探索精准征兵,开展兵员预征预储,加快信息平台建设,提高征兵工作质量效益;要严格落实廉洁征兵双向追责、零报告、监督员等制度规定,持续释放高压执纪的强劲信号;要强化组织领导,科学组织实施,密切协同配合,确保圆满完成年度征兵工作任务。